据北京大学医学院教授马文昭先生介绍，运气学说分为两个部分，即运和气。运指的是物质内在的变化规律，气指的是外界自然规律的运行。我国古代医学家根据阴阳五行学说，认为宇宙中的自然元素分为金、木、水、火、土，称为五行;而自然气候分为厥阴风木、少阴君火、少阳相火、太阴湿土、阳明燥金、太阳寒水，称为六气，它们之间的相互作用，就促成了自然界中的万物变化。因此，运气学说也被称为五行六气学说。因为人生活在自然界中，自然环境的变化必然会影响到人体的变化，所以运气学说也就成了中医研究人体变化的重要理论。

　　东汉医学家张仲景在他的《伤寒杂病论》中说：“夫天布五行，以运万杂类，人禀五常，以有五脏，经络腑俞，玄冥幽微，阴阳会通，变化难极，自非才高识妙岂能探其理哉!”意思就是说，天地遵循五行而生万物，人体也有五脏六腑，再加上经络血脉的运行规律像天地一样精妙，没有高绝的学识是无法洞悉其中奥妙的。从这段话中可以看出，人体的各种变化是由运气促动的，是可以通过深入探究而掌握其运行规律，并据此治疗各种疾病的。

　　运气学说理论的构建配合了我国古代计时法，即天干地支。天干是甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸，地支是子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥。以天干甲配地支子开始(甲子)，然后是乙配丑(乙丑)，如此顺推，到癸酉之后再以甲配戌(甲戌)，继续顺推，直到下一个甲子出现，总共为60年，也被称为一甲子年。古人认为，一甲子正好是自然界中气候变化的一轮大循环，运气学说也是根据这种循环变化，而推演出各种疾病可能降临人世的时间。比如，2009年的“甲流”，按照运气学的说法，这一年是甲巳年，行土运，运气学中称为“土运土气”，土气太重，主湿天，太阳行寒水运，又居泉位。所以，这一年的湿气太重，在中医中属于典型的湿邪病症环境，因此我国中医学者在这一年之前就做出预判，并做了大量准备。

　　五运部分，又被分为大运、主运和客运。大运主一年的气候变化，就是说这一年的气候变化有大致的规律可循，因为主管一年，所以大运也被称为岁运。大运又分为太盛和不足，太盛就是这一年的情况会非常严重，不足就是说情况不太严重。

　　主运是将一年平均分成五个部分，每一部分为七十三天零五刻，分别配以五行。第一主运从二十四节气中的大寒日开始，配以木行，然后是火行、土行、金行、水行，每年如此，反复不止。这五运当中，每一运的五行变化都和人体内的五行变化相连，平衡和失衡都在阴阳变化间。

　　客运是一种异常运行，和主运一样，它也是分别主管一年中的五个时间段，但它的开端是以这一年的大运为开端，比如这一年的大运是木运，那么这一年的客运开端就是木运，然后按照相生的关系延续;如果这一年的大运是金运，那么客运的开端就是金运，接下来再按照相生的关系延续，以此类推。运气学说认为，五行运转协调，主一年内无灾无病，太盛或者不足都是反常情况，会有不同程度的灾病出现。

　　六气部分，也被分为主气、客气和客主加临三种情况。主气管一年的气候情况，平均分为六个阶段，每个阶段分管六十天零八十刻，这六十天零八十刻再分管四个节气。六气具体特征为风、寒、暑、湿、燥、火，因为其中的暑和火同属于火，所以又被称为君火和相火，再加以阴阳(三阴、三阳)变化之后，就分别成为厥阴风木、少阴君火、少阳相火、太阴湿土、阳明燥金、太阳寒水。然后从每天的大寒日开始，第一阶段配以厥阴风木，第二阶段配以少阴君火，之后以此类推。

　　客气除了分管二十四节气外，还管上半年，称为司天之气;管下半年，称为在泉之气。因为客气每年只需两气主管，而实际上共有六气，所以六气需要轮流主管，排列顺序和主气相同，只不过主管时间为半年。

　　客主加临是将主气和客气进行综合分析，如果客气和主气之间的关系是相生，则说明这一段时间相安无事;如果相克则有可能出现祸病。

　　运气学说就是研究气候变化和人体变化之间的关系，从而得出疾病出现和消亡的规律。其实，这其中的变化，无外乎盛、衰、生、克，若平衡则无病，若失衡则生病。